En 1662 l'Ecole des femmes ravit le roi, mais fait de plus en plus de mécontents. La porté satirique et la critique des mœurs traditionnelles de la pièce n'est pas du goût de tous, et il y a plus grave : la comédie accède avec cette pièce au rang de genre sérieux, sinon noble, comme la tragédie. Il est dangereux de mélanger les genres en cette époque si réglementée.
En 1663 Molière répond à ses ennemis dans la Critique de l'Ecole des femmes dans laquelle il expose sa théorie sur la comédie.
 
Malgré les attaques, Molière continue d'innover.
1664, c'est l'année des plaisirs de l'Ile enchantée, grandes fêtes organisées à la gloire du souverain, de son Etat à Versailles. Molière, pour l'occasion inaugure la comédie ballet, qui mêle chant, danse, musique à la comédie, avec le Mariage forcé, (le roi aime la danse et n'hésite pas à participer personnellement aux ballets), reprend Les Fâcheux, présente La Princesse d'Elide, comédie romantique, et se risque à jouer une des comédies les plus dangereuses du moment : Tartuffe ou l'hypocrite. La compagnie du Saint Sacrement est directement visée, Molière moquant l'initiative d'attribuer dans les familles un directeur de conscience. Tartuffe est chargé d'incarner toute l'hypocrisie des dévots.
 
La pièce déchaîne une véritable haine, sous la forme d'une Cabale, certains allant jusqu'à demander le bûcher pour Molière. Le roi, même s'il goûte les attaques de la pièce, interdit Tartuffe par stratégie politique.
 
Deux ans plus tard Molière propose une nouvelle version, qui est à nouveau censurée. Ce ne sera qu'en 1669 que la pièce pourra être jouée et reconnue.