En 1554, Montaigne devient conseiller à la cour des Aides à Périgueux, puis en 1557, il passe au parlement de Bordeaux.

Il y rencontre l'ami pour toujours, Etienne de La Boétie, en 1558, jeune homme de trois ans son aîné, qui lui enseigne les principes fondamentaux du stoïcisme, notamment ne pas craindre la mort et rester ferme devant elle. Leur relation est fondée sur une complémentarité exemplaire, La Boétie est en quelque sorte, selon Montaigne, sa moitié, celui qui le comprend, qui anticipe ses propos, celui avec lequel il peut se confier, lui, qui est surtout un solitaire, celui avec lequel il peut apprendre et échanger. Cette amitié forte avec cet homme « bon » marque profondément Montaigne, et la mort de cet ami, à 33 ans de dyssentrie, le 18 août 1563, le marque encore plus. Dans le chapitre « De l'amitié » (livre I, chapitre XXVIII), Montaigne écrit sa célèbre formule, en hommage à celui qu'il considère toujours, 17 ans après, comme son alter ego : « Parce que c'était lui, parce que c'était moi. » La Boétie lègue à son compagnon ses œuvres, et Montaigne fait publier les écrits de ce dernier en 1571. Le fameux discours de la servitude volontaire est récupéré en 1574 par le clan des protestants, qui se plait à lire une critique de la monarchie, et ne perçoit pas les subtilités de la pensée du jeune auteur. 

La vie continue pour Montaigne, hélas peut-être, car en mars 1562 commencent les guerres de religion. Avec ses pairs, il jure fidélité à la religion catholique, au Parlement de Paris, donc au roi, le 12 juin 1562. Il accompagne le jeune Charles IX à Rouen auquel sont présentés 3 indiens d'Amérique, qui ont été ramenés par des colonisateurs. Cet épisode sera relaté dans le chapitre « Des cannibales » (Livre I, chapitre XXXI), et donnera lieu à une réflexion sur l'âge des rois, les mœurs françaises concernant la politique.

Entre deux missions du Parlement, Montaigne épouse en 1565, Françoise de la Chassaigne, fille d'un conseiller du Parlement. L'union est assez heureuse, sans excès de passion et seule une fille, Eléonore, sur les 7 filles que le couple aura, parviendra à dépasser la petite enfance.
Puis en 1568, c'est autour de son père de mourir. Montaigne hérite des terres familiales. Il subit un grave accident de cheval, qui le laisse évanouit, et qu'il racontera dans « De l'exercitation », (Livre II, chapitre VI). Il continue à exercer sa charge de conseiller, mais tout cela commence à lui peser.