L'année 1846 est une année sombre : Flaubert perd son père et sa sœur, ce qui accentue sa mélancolie. Il décide de se consacrer à sa mère et à une nièce orpheline. Il vit en reclus, refuse de participer à la vie mondaine et prône un culte fanatique de l'Art comme remède à « cette triste plaisanterie de la vie. »

Il partage son temps entre des voyages à Paris (il rencontre Louise Colet, femme de lettres, qui deviendra sa maîtresse et sa correspondante en 1846), en France et en Orient. Il vit les journées révolutionnaires dans la capitale en 1848, et s'en inspirera pour l'Education Sentimentale.

Après un voyage en Egypte il entreprend la rédaction d'un roman dont la préparation est gigantesque. En effet Flaubert met 53 mois pour écrire Mme Bovary (de septembre 1854 à avril 1856), rédige 1780 feuillets recto verso pour garder 497 pages au total. Il travaille 12 heures par jour, et élabore près de 70 plans. L'écrivain applique sa méthode de travail : il fait des recherches érudites pour être le plus « vrai » possible. Il s'appuie sur un fait divers. Pour l'opération du pied bot de l'aide du pharmacien Homais, Flaubert lit un nombre important de livres de médecine.
 
Flaubert évoque son roman à Louise Colet : « Chère Louise, tu n'as point, je crois, l'idée du genre de ce bouquin ; Autant je suis débraillé dans mes autres livres, autant dans ce lui-ci je tâche d'être boutonné et de suivre une ligne droite géométrique. Nul lyrisme, pas de réflexions, personnalité de l'auteur absente. Ce sera triste à lire ; il y aura des choses atroces de misère et de fétidité. » Le 13 juin 1852, il se plaint : « Bovary m'ennuie : Cela tient au sujet et aux retranchements perpétuels que je fais ». ou encore le 22 juillet 1852 « Quelle chienne de prose que la prose ! Ca n'est jamais fini ; il y a toujours à refaire. Une bonne phrase de prose doit être comme un vers, inchangeable, aussi rythmée, aussi sonore. » Faire vrai n'est pas chose simple : « Comme je vais lentement ! Et qui est-ce qui s'apercevra jamais des profondes combinaisons que m'aura demandées un livre si simple ? Quelle mécanique que le naturel, et comme il faut de ruses pour être vrai ! » (lettre du 6 avril 1853).                 

 L'œuvre paraît en 1857, s'attire un procès pour « outrage aux bonnes mœurs », mais c'est finalement l'acquittement qui est prononcé. Ce scandale contribua au succès du roman. Un autre livre avait subi la même attaque de la part du procureur Pinard : Les fleurs du Mal de Baudelaire. Flaubert écrivit au poète : « J'ai d'abord dévoré  votre volume d'un bout à l'autre, comme une cuisinière fait d'un feuilleton, et maintenant, depuis huit jours, je le relis, vers à vers, mot à mot et franchement, cela me plaît et m'enchante. »

Mme Bovary se vendit à 6500 exemplaires mais ne rapporta rien à son auteur, sinon la considération de ses pairs comme Hugo, Michelet, Baudelaire, Champfleury, Georges Sand et Sainte-Beuve, ce dernier étant un peu plus réticent.

Le même acharnement à faire « vrai » se révèle dans Salammbô. Alors qu'un journal, la Presse, lui a demandé une étude antique en une semaine, Flaubert part en Tunisie, et met 5 ans à la finir. Elle donnera Salammbô en 1862. Pour restituer les moeurs de l'époque (deuxième guerre punique de Rome contre Carthage vers 240 avant JC), l'écrivain  consulte la Bible, et les grands auteurs antiques, Plutarque, Salluste, Pline, Xénophon. Sur la ville de Carthage il lit une centaine d'ouvrages et demande à ses amis, les frères Goncourt de recopier Le journal d'un négociant qui s'est laissé mourir de faim. Le roman est un grand succès, même si des esprits chagrins contestent la validité de certaines descriptions et rappellent à Flaubert qu'il n'est ni historien ni archéologue. Néanmoins les portes des salons du Second Empire s'ouvrent pour ce travailleur acharné.

L'homme, original, a pour habitude de tirer les volets, d'allumer 20 bougies, de se mettre à son bureau après avoir préparé un punch et fumé des substances censées favoriser un état propice à la création. Flaubert, pour être tranquille, aurait même pensé à envoyer des faire-parts de son propre décès !

Les excès de Flaubert le conduisent aussi à lire, en 1849, pendant 32 heures durant une version de la Tentation de Saint-Antoine à ses amis Louis Bouilhet et Maxime Du Camp, qui jugèrent l'œuvre insuffisante. L'écrivain la reprit jusqu'à ce qu'elle lui apporte satisfaction.
Son gueuloir est un outil de travail vital pour cet acharné de la phrase juste : « J'ai la gorge toute éraillée d'avoir crié tout ce soir en écrivant, selon ma coutume exagérée. » (lettre du 26 avril 1853)
 
Le style est la grande affaire de Flaubert. « On n'arrive au style qu'avec un labeur atroce, avec une opiniâtreté fanatique et dévouée. «  (lettre à Louise Colet). Il est l'antidote aux élans d'imagination, aux effusions romantiques.

Grand admirateur de Balzac, Flaubert juge très sévèrement le style de l'auteur, et prétend écrire mieux. De même il reproche la lourdeur des phrases de Mérimée. Quant au Rouge et le Noir de Stendhal, il est « mal écrit et incompréhensible, comme caractères et intentions. »
Quelques années plus tard, une cruelle déception attend l'auteur : en 1869, l'Education sentimentale voit le jour. C'est un échec.

Une période amère commence.